La rápida propagación de la variante Delta, altamente infecciosa, ha subrayado la necesidad de una identificación más rápida de las mutaciones de la Covid-19. La Universidad de Oxford y el Global Pathogen Analysis System (GPAS) de Oracle está siendo ya utilizado por organizaciones de casi todos los continentes, uniendo a gobiernos y comunidades médicas en ese reto. Entre las instituciones que utilizan la plataforma se encuentran el Centro de Investigación del Hospital de la Universidad de Montreal, el Instituto de Investigación en Salud Pública de Chile, la Unidad de Investigación Clínica de la Universidad de Oxford en Vietnam, el Instituto de Patología Clínica e Investigación Médica-Patología de Nueva Gales del Sur, y Oxford Nanopore Technologies. GPAS también forma parte ahora de la Plataforma de Evaluación de Nuevas Variantes de Salud Pública de Inglaterra.
El Global Pathogen Analysis System se ofrece como un recurso gratuito para ayudar a combatir el COVID-19 y otras amenazas microbianas para la salud. Construido utilizando la plataforma Scalable Pathogen Pipeline Platform (SP3) de Oxford, Oracle APEX y Oracle Cloud Infrastructure (OCI), el Global Pathogen Analysis System es una plataforma en la nube que proporciona un sistema unificado y estandarizado para analizar y comparar los datos de la secuencia genómica anotada del SARS-CoV-2. Los investigadores utilizan el sistema para cargar los datos de un patógeno y recibir resultados completos en cuestión de minutos. Con el permiso del usuario, los resultados pueden compartirse con los laboratorios participantes de todo el mundo en un entorno seguro. Hacer que estos datos sean comprensibles y fáciles de difundir ayudará a las autoridades de salud pública a evaluar y planificar su respuesta, ya que les proporcionará una valiosa información sobre las variantes emergentes, incluso antes de que sean designadas oficialmente como variantes preocupantes.
Unir a la comunidad investigadora mundial en una misión común
“GPAS es el primer servicio basado en estándares de la industria en todo el mundo, que ofrece un servicio estandarizado de análisis de datos de secuencias para los usuarios en la nube”, afirma Derrick Crook, profesor de microbiología en el Departamento de Medicina Nuffield de la Universidad de Oxford. “Los investigadores podrán acceder, cargar y procesar sus datos de secuencias, todo ello en un entorno donde solo ellos son los dueños de su información, y recibirán de vuelta los datos completamente analizados en tan sólo 20 minutos desde que los carguen con éxito. Si deciden después compartir los datos, contribuirán a la visualización electrónica de los datos globales de los cambios diarios en la forma en que la pandemia está progresando y cómo está cambiando el virus. Esto permitirá una evaluación continua de la pandemia y ayudará a orientar las intervenciones nacionales y mundiales para frenar el impacto del virus”.
Gracias a la plataforma, los investigadores y los gobiernos podrán acceder rápidamente a los datos oportunos y pertinentes que necesitan para realizar análisis científicos actualizados y tomar decisiones políticas y de seguridad mejor informadas en relación con las nuevas variantes. Como parte de su trabajo con el Global Health Security Consortium (GHSC), el Lawrence J. Ellison Institute for Transformative Medicine (Ellison Institute) y el Tony Blair Institute (TBI) for Global Change han trabajado en coordinación con Oxford y Oracle para apoyar el desarrollo de la plataforma y ponerla en manos de los investigadores mundiales.
